Misioni i Fakultetit të Shkencave Aplikative është të ofrojë edukim dhe kërkim të cilësisë së lartë në fushat e shkencës dhe teknologjisë, duke i pajisur studentët me aftësitë dhe njohuritë e nevojshme për të adresuar sfidat teknologjisë moderne.

Fakulteti i Shkencave Aplikative ka në thelb vlerat universale të metodave bashkëkohore të mësimdhënies dhe mbështetje në kërkime shkencore.

Qëllimi kryesor i këtyre vlerave është që të përmirësojë mirëqenien e individit, komunitetit dhe shoqërisë në përgjithësi.

Fakulteti i Shkencave Aplikative gërsheton teorinë me praktikën në kushte dhe mundësi bashkëkohore, për një përgatitje sa me efikase të studentëve. Vizioni ynë është të përgatisim  studentë të cilët janë të gatshëm për t’u përfshirë në tregun e punës por njëkohësisht të përcjellim tek ata vlera për të ndërtuar një shoqëri të shëndetshme.

Në përputhje me misionin institucional të UFAGJ për të krijuar dije e njohuri përmes metodave bashkëkohore të mësimdhënies dhe kërkimit shkencor, FSHA synon që të përgatisë gjenerata të reja të studentëve dhe profesionistëve të së ardhmes me njohuri, shkathtësi e kompetenca të avancuara teknologjike dhe inxhinierike me qëllim që të kontribuohet në zhvillimin ekonomik dhe teknologjik të Kosovës dhe rajonit

Fakulteti i Shkencave Aplikative mbështetet në këto objektiva: 

• Përmirësimi i cilësisë akademike përmes ofrimit të programeve studimore bashkëkohore dhe mësimdhënies cilësore që përgatit profesionistë kompetentë për tregun e punës.
• Zhvillimi i kapaciteteve kërkimore për të kontribuar në inovacion dhe avancimin e njohurive shkencore dhe teknologjike.
• Krijimi i partneriteteve strategjike me industrinë dhe sektorët publik e privat për përmirësimin e edukimit dhe realizimin e projekteve me ndikim praktik.
• Promovimi i inovacionit dhe sipërmarrjes përmes nxitjes së qasjeve kreative dhe ndërmarrjeve të reja.
• Rritja e përfshirjes ndërkombëtare përmes bashkëpunimit me universitete dhe institucione ndërkombëtare, duke siguruar përvojë globale për studentët dhe stafin.
• Përditësimi i infrastrukturës akademike dhe teknologjike për të krijuar një mjedis modern dhe të përshtatshëm për mësimdhënie dhe kërkim.
• Rritja e kapaciteteve profesionale të stafit akademik përmes trajnimeve dhe zhvillimit të karrierës.
• Ofrimi i shërbimeve dhe mbështetjes për studentët për të ndihmuar zhvillimin e tyre të plotë akademik dhe personal.