Në kuadër të Administratës Qendrore janë të organizuara këto departamente, zyra dhe njësi: 

1. Drejtoria për Administratë të Përgjithshme
1.1. Zyra e Personelit; 
1.2. Zyra për Teknologji Informative; 
1.3. Zyra për arkiv dhe protokoll; 
1.4. Zyra Ligjore;

2. Drejtoria për Buxhet dhe Financa dhe Infrastrukturë
2.1. Zyra për buxhet dhe financa; 
2.2. Zyra për infrastrukturë;

3. Zyra e Prokurimit;

4. Zyra për Sigurim të Cilësisë;
4.1. Zyra për Mbrojtjen e të Dhënave;

5. Drejtoria për Bashkëpunim Ndërkombëtar dhe projekte
5.1. Zyra për Bashkëpunim Ndërkombëtar; 
5.2. Zyra për Menaxhimin e Projekteve; 
5.3. Zyra për Zhvillim të Karrierës dhe Alumni;

6. Drejtoria për Zhvillim Akademik dhe çështje të studentëve
6.1. Zyra për Zhvillim Akademik; 
6.2. Zyra e shërbimeve të studentëve; 
6.3. Biblioteka.